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대한구강해부학회는 구강해부학 분야의 발전과 회원 상호간의 친목을 도모하기 위해 1962년 10월 4일 서울시 중구 소공동 111 소재(한국은행 옆) 서울대학교 치과대학 제3강의실에서 16명이 모여 창립하였다. 이날 무기명 투표로 회장에 김규택(한일병원 치과 과장), 부회장에 유종덕(서울치대, 부교수)이 선출되었다. 그리고 총무부장에 황성명(서울치대, 전임강사), 학술부장에 김명국(서울치대, 시간강사), 편집부장에 장영규 연구생, 간사에 박기철 대학원생(인턴)이 임명되었으며, 김영창 선생(서울치대, 교수)이 명예회장으로 추대되었다. 이날의 창립총회에는 김영창, 김규택, 유종덕, 심태석, 장완식, 장영규, 신범철, 엄기택, 황성명, 이성구, 김일, 김명국, 최진환, 백승호, 최동률, 박기철 등 16명 이외에 많은 사람들이 참석하였다. 당시 입회금은 100원, 연회비는 200원이었다. 제2회 정기총회 후 다음달 10월 26일에는 첫 임원회가 있었으며. 이때, "토의 안건"으로는 1. 매달 세미나 개최, 2. 프린트판 학회지 발간, 3. 야유회 등 이었다. 10월 29일에는 전 회원이 소요산으로 야유회를 갔으며, 구강해부학회지 제1권 제1호(1964. 12. 프린트판)에 개재된 회원은 모두 31명이었다.

대한구강해부학회가 창립될 당시에는 1922년 4월 1일에 설립된 서울대학교 치과대학 하나이어서 임원과 회원이 모두 서울치대 출신이었다. 1962년 대한구강해부학회가 창립되기 전에는 모든 기초교수들이 1959년 6월에 창립한 대한치과기초의학회(회장 김동순, 1959.6-1962.9, 구강해부학, 구강병리학, 예방치과학이 주축이 됨)에 속하여 활동하였다. 대한치과기초의학회의 주된 회원들이 해부학 및 병리학을 전공하는 분들이었는데, 이들이 서로 합의하여 1962년에 대한구강해부학회와 대한구강병리학회(1962. 9.13)를 각각 창립함으로써 대한치과기초의학회는 자연히 해산되었다. 1960년대에 대한구강해부학회가 활발하게 학술활동을 하게 된 것은 60년대 초에 설치된 서울대학교 대학원 연구생 제도 때문이었다. 연구생 제도란 박사학위를 받고자 하는 사람이 매 학기 등록금을 내고, 경력을 얻으면서 연구하다가 학위를 취득하는 제도이다. 이 제도는 1975년에 폐지되었다. 치과의사로서 1975년 이전에 학위를 받은 사람은 의학박사 학위증(연구생 및 박사과정 모두)을 수여받았고, 그 이후는 치의학박사 학위증을 수여받았다.

1980년 후반에 이르러 경희대학교를 필두로 전국의 10개 치과대학에서 구강해부학 전임교수가 최초로 발령을 받아 전국 대학으로 회원이 구성됨으로써 급속한 학문적 발전이 이루어 졌다. 1990년대에는 학회가 더욱 발전하기 위해 학회지 발간을 연 2회로 증간하고, 서울에서 주로 이루어진 학술활동을 지방에서도 개최하여 대학간의 유대 강화, 내용 있는 학술대회 (“순서 및 초록” 발간, 특강 등), 구강해부학용어 통일, 구강조직학 교과서 공동번역, 기초치의학교수 수급문제 공동노력, 교육과정과 교육내용의 검토 등이 있었다.

2000년 이후에는 전국 각 치과대학 구강해부학교실에서 많은 교수님들이 새로이 충원되었다. 특히 박사학위를 소지한 자연과학대학, 수의과대학 등을 졸업한 교수와 대학원생들이 증가함으로써 회원수가 급격히 증가하고 있으며, 학회차원에서 구강해부학 및 조직학 교과목 요목정리, 교과서 번역 및 편찬사업 등을 활발히 수행하고 있다. 2002년부터 대학구강해부학회 학술대회 및 정기총회는 대한기초치의학회(대한구강해부학회, 대한구강보건학회, 구강생물학회, 대한구강악안면병리학회, 대한치과기재학회, 대한치과의료관리학회, 대한치과의사학회)로 통합하여 매년 11월-12월에 첫날은 통합학회를 시행하고, 둘째 날은 대한구강해부학회의 연제발표 및 정기총회를 개최하였다.

2006년부터는 매년 정기총회 1회와 수시로 이사회를 개최하여 구강해부학회 소속 교수들이 각 대학별로 장소를 바꾸어가며 친목, 교과서 번역 및 편찬사업, 공동연구 및 학회의 발전방향에 대해 논의하고 있다. 2013년 현재 현직교수 31명을 포함하여 많은 회원이 활동하고 있으며, 2013년도 정기총회에서는 기초치의학회와 별도로 4월중에 각 대학별로 순서를 정하여 구강해부학회를 개최하기로 의결하였다.

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